Após a morte de Müntzer e a destruição ou dispersão dos camponeses, surgiu outra seita, comumente chamada de Anabatistas, porque imergiam todos os seus convertidos, mesmo após já terem sido batizados. Esta seita causou grande inquietação e perplexidade aos Reformadores. O que os gnósticos foram para os Pais da Igreja, o que os maniqueístas foram para os católicos, os Anabatistas foram para os Reformadores. Eram puramente fanáticos. "Os líderes reivindicavam o dom da inspiração imediata, o privilégio de uma comunicação direta e frequente com a Divindade; e seus seguidores iludidos acreditavam neles. Tinham visões e revelações do passado e do futuro; seus números aumentavam rapidamente, e seguiam por toda parte na decorrer do progresso da Reforma." Por toda parte, o grito desses entusiastas era: "Sem tributo, sem dízimos, todas as coisas em comum, sem magistrados, o reino de Cristo está próximo, o batismo de crianças é uma invenção do diabo." Eles testavam severamente o espírito de Lutero, pois se apresentavam como os verdadeiros e completos Reformadores. Ele observa sobre eles: "Satanás está enfurecido; os novos sectários chamados de Anabatistas aumentam em número e exibem grandes aparências externas de rigor de vida, além de grande coragem na morte, seja por fogo ou por água."
No decorrer de dois anos, esses fanáticos se espalharam em número considerável pela Silésia, Baviera, Suábia e Suíça. Mas, como alguns de seus princípios tendiam a subverter a ordem social, foram emitidos decretos políticos contra eles. A perseguição começou; e como tanto os Reformadores saxões quanto os suíços se opunham a eles, foram por toda parte castigados pelo poder civil com as maiores severidades. No entanto, suportaram seus sofrimentos com uma fortaleza inabalável. Nem espada, nem fogo, nem forca os moviam à retratação ou a demonstrar medo. Com a captura e execução de seus líderes em Münster, em 1536, a seita parece ter sido suprimida.
