O arcebispo de Milão e seis bispos auxiliares realizaram a vergonhosa cerimônia de degradação. Hus estava vestido com vestes sacerdotais, a taça sacramental foi colocada em sua mão, e ele foi conduzido ao altar-mor como se fosse celebrar a missa. O devotado mártir calmamente observou, "que seu Redentor tinha sido vestido com vestes reais em zombaria." Os bispos nomeados então procederam ao ofício de degradação. Ele foi despojado, uma a uma, de suas vestes sagradas, o cálice foi retirado de sua mão, a tonsura foi obliterada pela tesoura, uma coroa de papel, pintada com demônios, foi colocada em sua cabeça, e com a inscrição “Heresiarca” . Os prelados então devotaram piamente sua alma às regiões de infortúnio eterno. "Maldito Judas, que, tendo abandonado o conselho da paz, entraste no conselho dos judeus, nós tiramos de ti este cálice sagrado, no qual está o sangue de Jesus Cristo." Mas Deus apoiou Seu servo fiel de uma forma notável, e permitiu-lhe clamar em voz alta: “Eu confio na misericórdia de Deus, beberei hoje em Seu reino.” “Devotamos tua alma aos demônios infernais”, disseram os prelados. “Mas eu”, disse Hus, “entrego meu espírito em Tuas mãos, ó Senhor Jesus Cristo; a Ti entrego minha alma que remiste.”
Na mais terrivelmente solene zombaria e ousada hipocrisia, a falsa igreja pensou em se livrar da mancha de sangue, declarando que Hus seria cortado do corpo eclesiástico, libertado das garras da igreja e entregue como um leigo à vingança do braço secular. O imperador agora se encarregava do proscrito e ordenava sua execução imediata. O conde palatino, com oitocentos cavalos e uma grande multidão da cidade, conduziu o mártir à fogueira. Eles pararam em frente ao palácio do bispo, onde uma pilha de seus livros condenados pelo concílio estavam sendo queimados. Ele apenas sorriu para este fraco ato de vingança. Ele se esforçou para falar ao povo e aos guardas imperiais em alemão, mas o eleitor o impediu e ordenou que fosse queimado. Mas nada poderia perturbar sua paz de espírito: Deus estava com ele. Ele cantava os salmos enquanto avançava e orava com tanto fervor que o povo da cidade dizia: "O que este homem fez, não sabemos, mas o ouvimos oferecer orações excelentes a Deus". Ao chegar ao local da execução, ele se ajoelhou, orou pelo perdão de seus inimigos e entregou sua alma nas mãos de Cristo.
Mesmo após Hus ter sido amarrado à estaca e a madeira ter sido empilhada ao seu redor, o conde perguntou-lhe se ele agora não se retrataria e salvaria sua vida. Ele respondeu nobremente: "O que escrevi e ensinei foi para resgatar almas do poder do diabo e livrá-las da tirania do pecado, e de bom grado selo o que escrevi e ensinei com meu sangue". As pilhas foram então acesas; ele permaneceu firme e sofreu com constância inabalável, mas seus sofrimentos foram breves. O Senhor permitiu que um volume crescente de fumaça sufocasse seu fiel mártir antes que o fogo o queimasse. Com os últimos acentos débeis de sua voz, ele foi ouvido cantando o louvor de Jesus que morreu para salvá-lo. Suas cinzas foram cuidadosamente recolhidas e jogadas no lago, mas sua alma feliz estava agora com Jesus no paraíso de Deus. A devoção fiel de seus afetuosos seguidores arrancou a terra do local de seu martírio, levou-a para a Boêmia, umedeceu-a com suas lágrimas e a preservou como uma relíquia de alguém cujo nome nunca será esquecido, mas que para sempre será amado.
Assim morreu, assim dormiu em Jesus, um dos verdadeiros arautos da Reforma. Os historiadores em geral admitem que ele foi um dos homens mais irrepreensíveis e virtuosos, que os registros de sua constância não estão contaminados por uma única mancha de mero estoicismo filosófico, ou contaminados pela vaidade, ao antecipar a coroa de um mártir. Mas sua morte afixou a marca da infâmia eterna sobre o concílio que o condenou e sobre o imperador que o traiu. Seu querido amigo e irmão em Cristo, Jerônimo de Praga, logo o seguiu também até seu novo lar e descansou nas alturas.