Otão tinha ficado três anos fora da Alemanha, três anos de inesperada paz naquele país -- e assim suas mãos se tornaram fortes. Os parentes do jovem Frederico ficaram preocupados por sua segurança. Ele tinha agora dezoito anos de idade. O papa foi consultado em segredo. Ele voltou-se e viu boas razões para tomar medidas ativas contra Otão, e para assumir a mais amigável disposição para com Frederico. Havia muitas dificuldades no caminho, por causa da ocupação de Otão; mas dois bravos e leais cavaleiros suábios realizaram a perigosa expedição, conduzindo Frederico com segurança de sua ensolarada cidade de Palermo até as regiões mais frias da Alemanha, onde ele foi recebido de braços abertos para retomar o trono de seus ancestrais. Mas a causa de Frederico contra Otão foi, na verdade, vencida por Filipe Augusto (Filipe II) da França.
Entre os dois rivais pelo império não houve grandes batalhas. A França por muito tempo tinha sido uma amiga constante dos suábios, assim como a Inglaterra o tinha sido dos saxões. Filipe entrou em uma estreita aliança com Frederico. O conde de Flandres, os príncipes do baixo Reno, e o rei da Inglaterra, se associaram a Otão. À frente de um grande exército ele avançou, com o impulso de uma paixão vingativa, em direção às fronteiras da França. Ele considerava Filipe o verdadeiro autor de todos os seus infortúnios. Mas seu vigilante adversário estava pronto para recebê-lo. No dia de 27 de julho de 1214, uma grande batalha foi lutada no vilarejo de Bouvines, não longe de Lila. Filipe Augusto foi vitorioso sobre o último dos de Otão e de seus aliados. Ele sobreviveu à sua queda cerca de cinco anos, os quais lhe foi permitido passar em penitência monástica sem ter sido formalmente deposto.
No ano seguinte, Frederico II foi coroado em Aix-la-Chappele, e no entusiasmo do momento, ele, com muitos outros, fez um voto de ir pessoalmente em uma cruzada à Terra Santa. Essa promessa precipitada foi a ocasião de problemas que ele mal esperava, e que se estenderam por todo o seu longo reinado de trinta e cinco anos.