A morte de Henrique, os ciúmes e rivalidades dos chefes germânicos, e o estado exasperado dos italianos, preparou o caminho para o pleno exercício dos grandes poderes da administração de Inocêncio. As crueldades do imperador Henrique para com seus súditos italianos haviam atiçado todo o país em busca de revolta. Eles estavam apenas aguardando um libertador do jugo germânico. Esse libertador era Inocêncio. Ele convocou Marcovaldo, o mais formidável dos tenentes imperiais no comando, para que entregasse a São Pedro todas as propriedades da igreja. Marcovaldo fez uma pausa: embora ele fosse um homem ousado e ambicioso, e possuidor de grande riqueza e poder, ele desejava evitar uma disputa aberta com o papa. Ele estava consciente do perigo que corria pelo ódio que o povo nutria contra o jugo estrangeiro; e assim esforçou-se em conseguir uma aliança com muitas promessas de serviço à igreja. Mas o papa permaneceu firme e resistiu a todas as suas ofertas, fossem de dinheiro ou de serviço. Ele exigiu a entrega incondicional e imediata de todos os territórios da igreja. Marcovaldo recusou. O povo se levantou para apoiar as reivindicações do papa. A guerra começou. As bandeiras germânicas foram rasgadas, cidade após cidade se ergueu em rebelião e lançou ao chão tudo o que fosse germânico. Marcovaldo, insultado e ardendo em ira, "vingou-se ao sair dos portões de Ravena, devastando toda a região, queimando, saqueando, destruindo propriedades e colheitas, castelos e igrejas. Inocêncio abriu os tesouros papais, pegou emprestado grandes somas de dinheiro, ergueu um exército, e lançou uma excomunhão contra o vassalo rebelde da igreja, na qual ele absolvia de seus juramentos todos os que tinham jurado lealdade a Marcovaldo"*.
{*Milman, vol. 4, p. 19}
A queda de Marcovaldo encheu os outros de consternação. Eles propuseram termos de paz e ofereceram pagar tributo, mas Inocêncio não queria aceitar nada. Ele reivindicou a posse dos domínios patrimoniais sem reservas, declarou-se herdeiro da doação da condessa Matilde, e soberano do ducado da Toscana. Mas nenhum evento, vindo em consequência à doença do Imperador, foi mais importante para o papado do que a conduta infiel da imperatriz Constança. Imediatamente após a morte de seu marido, embora tivesse deixado a guarda natural do reino, separou-se da causa germânica e retornou à Sicília com seu filho pequeno Frederico. Ela abraçou os interesses de sua terra natal, lançou-se nos braços da Santa Sé, fez com que seu filho fosse coroado em Palermo, e solicitou a investidura pontifícia do reino para seu filho como um feudo da sé papal. Inocêncio viu sua própria força, sua fraqueza, e fez seus próprios termos. A imperatriz e seu filho foram obrigados a reconhecer a superioridade feudal absoluta do papa sobre todo o reino de Nápoles e Sicília, e que pagassem um alto tributo anual. Os guerreiros germânicos foram obrigados a se retirarem para os castelos no continente, mas apenas para que meditassem em sua presente derrota e futura vingança.
As conquistas de Inocêncio tinham sido rápidas e estavam aparentemente completas. Em menos de um ano após sua ascensão ao trono papal, ele era virtualmente o rei da Sicília, e mestre de seus próprios grandes territórios. Por meio de seus legados, ele fez sua presença ser sentida e forçou obediência em todos os seus recém adquiridos domínios. Mas, como sempre, a besta na qual monta a mulher tornou-se ainda mais obstinada. Os territórios, fortalezas, cidadelas e terras, que tinham sido recuperadas dos germânicos, foram reivindicadas pela sé papal como sendo sua possessão. Mas, como tais exigências fossem tanto injustas quanto ilegais, a resistência da parte dos cidadãos e dos governadores imperiais foi a consequência natural, e por anos a Sicília e suas províncias foram palco de anarquia, violência, derramamento de sangue e incessantes intrigas. E ainda assim, nessa mesma época, Inocêncio lembrou aquelas cidades que se opunham a entregar-lhe o total benefício de sua duramente adquirida libertação, da terrível natureza do poder a que eles ousaram se opôr. A falta de confiança deles para com o papa era considerado um crime contra o próprio Senhor Jesus, cujo sucessor era ele, "alguém em que não havia pecado algum, nem na sua boca se achou engano". Podia a blasfêmia ser mais ousada, ou mais descarada? Poderia haver uma tentativa mais perversa de unir o dragão e o cordeiro?