Ricardo, rei da Inglaterra, e Filipe Augusto (Filipe II), rei da França -- que abraçou calorosamente a causa de Filipe -- não pouparam elogios e confissões para conquistar o papa para o partido de seus respectivos candidatos. Mas ele postergou a decisão de tomar partido, tendo em vista outros objetivos para ser tão direto. Enquanto isso, a guerra estourava ao longo do rio Reno. Filipe, no início, ganhou grandes vantagens, avançando quase até os portões de Colônia, mas um poderoso exército dos prelados do Reno e de nobres de Flandres obrigou Filipe a se retirar. A maior e mais poderosa parte do império reconhecia e apoiava a causa de Filipe; o clero e o Conde de Flandres estavam quase sozinhos ao lado de Otão.
Foi uma guerra civil feroz e bárbara. Ao final do primeiro ano, a sorte favoreceu a causa de Filipe. A morte de Ricardo, em 1199, tinha privado Otão de seu mais poderoso aliado. João, que o sucedeu, não estava disposto a investir parte de seu dinheiro em um jogo tão distante e incerto. A guerra podia então ter terminado com uma boa demonstração de honra, até mesmo para Otão; mas a vingança papal contra a odiada casa de Hohenstaufen ainda não estava completa. O papa apoiou abertamente a causa do usurpador, Otão; e por nove anos longos e sombrios, com curtos intervalos de trégua, a Alemanha foi lançada, pelo "tenro pastor" do rio Tibre, a todos os horrores de uma guerra civil. Mas a política fraudulenta de Inocêncio logo tornou-se visível a todos. Seu rebanho sofredor acusou-o e reprovou-o como o culpado por todas as suas misérias, por ter provocado, inflamado e atiçado o desastroso conflito, apenas pela gratificação de seu próprio propósito maligno de arruinar a casa real de Henrique, o Severo. Era necessária toda a sua inteligência, com a ajuda de Satanás, para que pudesse ser absolvido da acusação.
Mas a guerra tinha feito seu trabalho -- seu trabalho de dragão. "Foi uma guerra, não de batalhas decisivas, mas de saqueadores, desolação, devastação de colheitas, pilhagem, destruição de países abertos e sem defesa -- uma guerra, travada por clérigos contra clérigos, por príncipe contra príncipe; boêmios selvagens e soldados bandidos de todas as raças percorriam cada província. Por toda a terra não havia lei; as estradas eram intransitáveis por causa dos salteadores; nada era poupado, nada era tido como sagrado, nem igreja nem claustro". Tal, e daí para pior, foi a guerra civil na Alemanha. No entanto, a mente implacável daquele homem desgraçado continuava a trovejar suas anátemas contra Filipe; declarou todos os juramentos que tinham sido feitos a ele nulos e vazios, e regalou de privilégios e imunidades de todos os tipos aos bispos e sociedades monásticas que abraçavam o partido de Otão. Mas os trovões do Vaticano tornaram-se inúteis, e a força de Filipe aumentava ano após ano.*
{* J.C. Robertson, vol. 3, p. 297. Milman, vol. 4, p. 51. Neander, vol. 7, p. 236.}
Nem mesmo a mente inflexível de Inocêncio podia escapar do poder dos acontecimentos. Ele se sentia ameaçado com a humilhação de uma derrota total. Ao final de dez anos, não havia mais esperança para a causa de Otão. Mas como pode o papa esquecer seus votos de implacável inimizade contra a casa da Suábia, ou lutar por seus votos de aliança perpétua com a casa da Saxônia? Ele tinha que encontrar algum motivo santo e piedoso para abandonar a causa de Otão, e abraçar a causa de Filipe. Seu orgulho encontrou grande dificuldade em cobrir a vergonha de sua depreciada posição, mas Filipe fez tantas declarações e promessas ao papa, por meio seus embaixadores, que ele viu como dever receber de volta seu filho penitente, e absolvê-lo das censuras da igreja. O legado papal foi até Metz, e ali o proclamou como imperador vitorioso.